В 2000 году, на пороге нового тысячелетия, компания успешно запустила и до сих пор реализует высококачественные молочные продукты, названные «Веселый молочник». В том же году компания вышла на новый уровень и стала покупать молочные компании за границей, а именно на Украине и в странах Центральной Азии
В 2001 году «Вимм-Билль-Данн» стала первой в нашей стране компанией, которая запатентовала и успешно выпускает уникальный напиток на основе сока и молока, напиток получил наименование «Мажитэль». До 2001 года в России не было ни одного своего брендированного детского питания, потому «Вимм-Билль-Данн» было решено стать первой из отечественных компаний, кто сделает это, так появилась марка «Агуша» — детское питание на основе молока. В том же году была открыта своя управляющая компания «Вимм-Билль-Данн Продукты Питания». Первостепенной обязанностью компании является руководство всеми филиалами и центральным офисом предприятиями, контролирование их деятельности, направления стратегических мероприятий в работе. Более того, в 2001 году компания выиграла международный сертификат контроля качества и стандартов BRC.
В следующем году данная компания стала первым продовольственным предприятием, которому удалось выставить личные акции на фондовой бирже в Нью-Йорке.
В 2003 году компания открыла новое производство по изготовлению первого российского сыра марки «Ламбер», который сегодня завоевал признание и выпускается по всем стандартам, соответствуя европейскими сырами.